稀有道具的获取需要结合剧情推进与特定地点探索。通关二周目后，三周目会解锁更多隐藏区域和特殊事件，其中反向山、陌生人之家、海底遗迹等地点是关键道具的分布区域。火钢兽的石头需在反向山钟处召唤火钢兽后获得，而梦神的羽毛则需进入陌生人之家深处与女鬼互动。冠军之路的废墟遗迹中与N对战获胜后，可获得黑白龙的大理石，用于在塔顶召唤黑白龙。这些道具的获取往往需要完成前置任务或击败特定NPC。
三周目中的隐藏钥匙系统是获取稀有道具的重要途径。通过战斗地铁、培养PM或参与现实世界互动活动（如观看电影兑换传说PM），玩家可以积累隐藏钥匙。这些钥匙用于开启地底遗迹中的特殊房间，例如冰山之间或钢铁之间，内部藏有三神柱对应的进化石或属性石板。海底遗迹则需要潜水技能探索，共14种属性石板分散在各层，剩余2种需与13号道路的NPC对话获取。探索时需注意环境互动，如调查骨堆或浮雕缝隙可能触发道具掉落。
特殊剧情道具的获取往往依赖NPC交互。通关后回到主角家，母亲会误认前作主角并提及N的线索，前往二楼可获得证书。博士研究所会赠送超级鱼竿，用于钓取特定水域的稀有精灵。在第四道馆镇与桥上三名传送者对话，可获得钻石、白玉和白金玉。这些道具虽不直接用于战斗，但能解锁后续神兽捕捉或进化条件。与NPC的对话内容需仔细阅读，部分线索会提示道具的具体位置或获取方式。
神兽相关道具的收集需要结合战斗与探索。冰龙捕获后使用基因楔子可决定其形态为黑冰龙或白冰龙。烈希拉姆与捷克罗姆的召唤需携带光白石或暗石前往龙螺旋之塔顶部。合体酋雷姆的基因之楔在捕获酋雷姆后自动获得，用于与黑白龙合体。三斗神（勾帕路翁、毕力吉翁、代拉基翁）在一周目捕捉失败后，三周目可于原地点重新挑战。神兽道具的掉落通常与战斗结果挂钩，需确保队伍具备足够的克制属性。
冠军之路门洞内的梭罗亚库引导玩家进入废墟遗迹，沿途可能发现隐藏道具。陌生人之家的女鬼事件结束后，房屋深处会刷新梦神的羽毛。海底遗迹的古代遗物可高价出售给涟漪镇NPC，而火山基石的获取需先在18号道路探索。这些道具的刷新机制与环境细节紧密相关，建议多次探索同一区域以触发不同事件。道具获取后需合理分配使用，例如进化石优先用于核心队伍成员，属性石板则根据战斗需求灵活搭配。
