找到并成功敲击化石是游戏进程中的重要环节，需要结合场景探索、道具收集与谜题破解。化石通常隐藏在特定区域，如工厂或码头附近，玩家需先获取关键道具（如胶带、刀或空瓶子）才能触发相关互动。在工厂场景中，修复电路后可将化石蛋放入操作台压碎，获得种子；而在码头甲板，与西装男对话并交出蓝色羽毛后，能从他提供的箱子中取得化石蛋。这一过程要求玩家仔细观察环境线索，并合理运用已有物品。
化石的获取往往与时间线切换机制相关。玩家需在过去与现在两个时间点之间穿梭，利用不同时期的场景变化推进任务。将种子交给过去的少年种植后，回到现在会发现种子已长成大树，可攀爬进入飞船获取后续道具。化石蛋的敲击通常需要借助特定设备，如工厂的碾压机，操作时需确保道具栏中有对应物品，并正确触发机关。部分场景中，化石可能被其他生物或障碍物遮挡，需先解决周边谜题才能接触。
敲击化石后的产物（如种子或鱼骨）通常用于解锁新区域或完成NPC任务。鱼骨可与矛头组合成武器，用于剖开鲸鱼肚子获取关键道具；种子则能触发植物生长，改变场景结构。玩家需注意将化石相关物品与其他线索关联，如工厂外星人提供的图案或神庙密室中的壁画提示，这些往往暗示了化石的使用方式或后续步骤的密码逻辑。
最终阶段的化石处理常涉及多步骤操作。在飞船或火箭场景中，需将化石衍生物（如能量块或异形块）放入指定装置，配合密码输入或机关调整才能完全激活功能。这一过程要求玩家回溯此前记录的密码（如八音盒旋律DGEGDA或工厂雷达图图案），并确保所有前置任务已完成。若卡关，可重新检查场景中未互动的元素，如日记最后一页用铅笔涂抹后显现的隐藏密码，或灯塔二楼通风口处遗漏的摇杆。
