第三周目的核心流程始于图鉴升级和七岛探索。通关一周目后需找大木博士将图鉴升级至386版，随后前往港口乘船抵达火焰山。在火焰山右侧山洞内使用怪力技能推动巨石获取红宝石，将其交还博士后可获得七岛船票。游戏将解锁包括4号岛冰洞、5号岛迷宫、6号岛解谜在内的全新区域，这些区域隐藏着冰天王、波可比蛋等关键内容。
完成红宝石任务后需优先处理4号岛的冰系迷宫。该区域地面存在特殊冰面机制，需借助石块改变移动方向或阻挡滑行路径。洞穴深处需连续两次踩踏相同冰面才能触发隐藏楼梯，最终在瀑布顶部使用登瀑术与冰天王对战，胜利后获得重要口令。5号岛则需通过冲浪术抵达左上角小岛，与NPC对话获取波可比蛋，随后进入环形迷宫收集五件道具触发后续剧情。
6号岛和7号岛侧重解谜与神兽捕捉。6号岛南侧需使用居合斩开启封锁大门，触发剧情后取得蓝宝石并交予博士修复关键设备。7号岛南部废墟可捕捉编号201的安侬，而华蓝市左侧山洞深处则藏有超梦。8号岛洞穴采用分岔路径设计，需按特定顺序（右→下）移动才能遭遇洛奇亚，9号岛需反复调整三角形机关至红色状态方可召唤迪奥西斯。
队伍配置方面需注意属性平衡与技能覆盖。冰系迷宫推荐携带钢系或火系精灵应对冰天王，迷宫中频繁出现的火箭队成员适合用格斗系快速清场。神兽战前务必准备足够的高级球和状态异常技能，催眠粉与麻痹粉能显著提升捕捉概率。冲浪、怪力、闪光等秘传技能需提前分配给合适精灵，避免探索时频繁调整队伍。
