二周目开启后，玩家首先需要前往主角家中与父亲对话，获得船票并选择水都颜色。这一选择将影响后续游戏中水都的形态。随后博士会来访并协助升级图鉴至全国模式，解锁通信交换功能，可尝试捕捉丰缘地区的御三家或其他稀有精灵。完成基础准备后，建议优先前往水静市乘船，途中会遇到亚希达并获取第二张船票，用于前往对战开拓区。
对战开拓区是二周目的核心挑战区域，包含多个不同规则的战斗设施。初次抵达时需使用卡片激活设施位置，随后可依次挑战对战塔、对战巨蛋等。对战塔采用单打模式，通关后解锁双打和多人战，需注意双打需提前组建四人队伍。对战巨蛋的难度相对较低，因可提前查看对手阵容而便于针对性调整战术。对战工厂则提供临时租用精灵的机制，建议优先选择高种族值或特殊技能组合的精灵。
完成四次对战设施挑战后，将触发与特殊NPC的战斗，胜利后可获得银象征及大量对战点数。这些点数可用于兑换稀有道具或技能机，对队伍强化至关重要。若遭遇神兽队伍难以应对，可暂时存档并提升队伍强度后再尝试。天空之柱是二周目的另一关键地点，需从131航道游泳进入，内部迷宫需利用风马自行车加速通过，最终可遭遇烈空坐并参与剧情战斗。
资源管理方面，建议定期检查精灵技能搭配与属性克制关系。丰缘地区的隐藏道具分布广泛，如流星瀑布的进化石、觉醒寺的觉醒力量教学等，需结合碎岩、潜水等秘传机探索。支线任务如古辰遗迹的古空棘鱼捕捉、武斗镇的化石获取等，能提供额外战斗资源。最终挑战四天王前，务必确保队伍等级均衡且携带足够的恢复道具。
二周目的核心目标在于完善图鉴与提升战斗深度，通过系统化探索和策略调整可充分体验丰缘地区的隐藏内容。对战开拓区的机制设计考验玩家对属性、技能联动的理解，而传说精灵的收服则需结合剧情推进与地形解谜。保持耐心与细致观察是攻克高难度挑战的关键。
