玩家需要前往博士处将图鉴升级为386版，随后通过港口乘船前往火焰山岛屿。登岛后会在右侧发现两名火箭队员，击败他们进入山洞可获得红宝石，将其交还给博士即可获得前往七个岛屿的船票。这一阶段的核心任务是探索新增岛屿并解锁隐藏内容，流程虽与前期周目相似，但细节上存在诸多差异，尤其是岛屿间的联动谜题和神兽捕捉条件。
四号岛屿是重要过渡区域，登陆后会遇到宿敌小毛但不会触发战斗，此处可顺带培育精灵。岛上的冰洞需注意特殊机制：部分冰面需连续踩踏两次才能滑至下一层，无摩擦力的区域需借助石块改变移动方向。洞内将遭遇冰天王，击败后火箭队成员会交出关键密码。五号岛屿需使用冲浪技能向左移动，与NPC对话可获得波克比的蛋，继续深入小岛迷宫需收集五件道具，完成后会被传送至新区域。
六号岛屿南部的石门需使用斩击技能开启，内部剧情可获取蓝宝石，但会被火箭队抢夺。返回五号岛屿输入密码后，击败火箭队夺回蓝宝石并修复通讯机器。七号岛屿的冲浪平台需抵达第四层触发对话，南部废墟可捕捉201号安农。八号岛屿洞穴深处岔路口选择右下方路线可遭遇洛奇亚，而九号岛屿需解谜三角形装置至变红，震动后会出现30级左右的迪奥西斯。
三周目的战斗策略需注重队伍属性平衡，推荐携带具备冲浪、怪力、登瀑等秘传技能的精灵以应对复杂地形。岛屿探索期间建议备足恢复道具，部分迷宫存在单向通行机制需提前规划路线。神兽战前可通过状态技能削弱目标，利用属性相克原理提高捕获成功率。最终返回华蓝市左侧山洞可捕捉超梦，完成三周目核心收集要素。
